محل كنوني بقعه شيخ صفي الدين حدود 700 سال پيش باغ بزرگي بنام اسفريس بوده است كه شيخ صفي الدين اردبيلي در بخشي از آن باغ بزرگ به ارشاد و تدريس مريدان خود مي پرداخت.
شيخ صفي الدين اردبيلي در سال 735 هجري قمري در سن 75 سالگي درگذشت وي از بزرگان عرفان و تصوف در ايران به شمار مي رفت و از نفوذ مذهبي بالايي برخوردار بود.
از شيخ صفي آثار مكتوبي چون ديوان اشعار و تفسير قرآن كريم برجاي مانده است.
طبق وصيت وي او را در محل تدريسش و در مدرس خود با ساختن يك برج مقبره اي بنام الله الله دفن كرده اند. وجه تسميه آن وجود نام مبارك الله در متن ساقه برج آن با خط بنايي معقلي است.
فرزندان شيخ يك به يك به عنوان مرشد خانقاه، جانشين پدر مي شدند و اين سير تحول ارشاد در خانقاه اردبيل توأم با افزايش قدرت مردمي اين خانقاه در دوره اي از تاريخ ايران جريان داشت كه حكومت مركزي مستقلي به مفهوم جامع كلمه در كشور وجود خارجي نداشت و بالاخره اين حركت سريع مذهبي در خانقاه اردبيل پس از 72 سال منتج به وصول مقام ارشاد به اسماعيل صفوي پسر حيدر شد.
در دوره حكومت شاه اسماعيل تمام انرژي او مصروف ساماندهي اوضاع كشور بود و فرصت و توجه كافي به امر ساماندهي مقابر اجدادش براي او فراهم نشد و فقط اقدام به ساخت بخشي بنام دارالحديث در بقعه كرد كه بعدها اين قسمت ويران شده و امروزه آثاري از آن باقي نيست.
پس از شاه اسماعيل شاه طهماسب اول كه جانشين وي بود با ساختن بخشي بنام قنديل خانه مجموعه قبور موجود در بقعه را با سالني بهم متصل كرد و نظم بخشيد.
در دوره صفوي باعنايت ويژه شاهان، اين مجموعه در نهايت دقت تكميل و تزئين شد تا جائيكه آدام اولياريوس بقعه را با مساحتي نزديك به 21 هزار مترمربع به بهشت موعود خداوندي تشبيه مي كند. بقعة وسيع و ديدني شيخ صفي با سقوط سلسله صفويه چنان مورد بي مهري و عناد واقع ميشود كه هم اينك كل مساحت عرصه و اعياني اين مجموعه كمتر از 7 هزار متر مربع است و از اشياء و لوازم نفيس آن جز نامي غرور آور و يادي تلخ براي نسل امروز باقي نمانده است.
اين مجموعه هم اينك كانديد ثبت در فهرست ميراث جهاني است و قبر شخصيتهاي معتبري از تاريخ اين سرزمين را محفوظ داشته و بخش بزرگي از تاريخ اين مملكت و شايد جهان اسلام بدون اين مجموعه قابل تحقيق و تعريف نيست.